Питання моральності і контролю за життям духовенства і мирян

Собор був змушений визнати існування безладів і аморальності (дивіться у вище наведеному переліку питань групи 2 і 3).

Тому одним з найважливіших нововведень Собору є повсюдне запровадження інституту попівських старостів. Це були особи, вибірні зі священиків. Кількість попівських старостів у кожному місті визначалася окремо, імовірно, єпископами за царським повелінням. Собор визначив кількість старостів лише для Москви — 7 (сім). Цьому числу відповідало число соборів, тобто центральних за значенням у данній окрузі храмів. Попівські старости мали служити в соборах. На допомогу їм, згідно зі «Стоглавом», вибирались зі священиків десятські. В селах і волостях вибирались тільки десятські священики. «Стоглав» зафіксував, що в обов'язки цих виборних осіб входив контроль у підзвітних церквах за благочинієм священиків.

Собор 1551 року ухвалив важливе рішення щодо «подвійних» монастирів, тобто таких, де спільно проживали ченці обох статей: монастирям приписувалося суворо додержуватися відокремленості чоловіків і жіноцтва й ретельно виконувати монастирський статут. Слід визнати, що на практиці ці положення Собору виявилися порожніми постулатами.

У соборній постанові засуджувалися розповсюджені серед мирян у побуті пережитки і забобони язичництва й світські розваги: ордалії, театральні вистави, азартні ігри, пияцтво, нехристиянське поводження і святкування, зокрема на Радуницю.

Інша ухвала Собору засуджувала безбожні книги та єретиків, що їх читали. Такими книгами, і це показує мракобісся тодішньої Російської церкви, оголошувалися переважно прогресивні на свій час наукові трактати і решта світської літератури: «Secveta secvetovum», збірка середньовічної мудрості, відома в Московії під назвою «Аристотель»,астрономічні карти Еммануїла Бена Якоба, відомі під назвою «Шестикрил» тощо. Ще одне рішення, яке доводить вузькість мислення тогочасних церковних ієрархів — накладення повної заборони на спілкування з іноземцями (в першу чергу, литвинами, тобто українцями і білорусами, а також німцями і поляками), і це тоді, коли самі ж московські урядники запрошували іноземців на царську службу.